 |
VAN SANAL HERBARYUMU'NUN TANITILMASI (Tanıtım Filmi)
Işık Kutusunu Üretebilirsiniz
VAN SANAL HERBARYUMU'NUN GEÇMİŞİ
*Yüzüncü Yıl Üniversitesi Eğitim Fakültesi Biyoloji Anabilim Dalı Zeve Kampusu/VAN
ÖZET
Bu çalışmada; Yüzüncü Yıl Üniversitesi Eğitim Fakültesi Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanları Eğitimi Biyoloji Anabilim Dalında 1994-2005 yılları arsında Van ve çevresinde yapılan floristik çalışmalarda toplanan materyallerin, sanal ortama aktarma yöntem ve araçlarını içermektedir. Toplanan bitkilere ait resimlerin, taze ve kuru materyallerin Materyal Geliştirme ve Hazırlama Odasında; saklanması, dijital ortama aktarılmasında izlenen yöntemler ve kullanılan sanal-gerçek, öğretim araç -gereçleri tanıtılmaktadır. Ayrıca Van ve Ülke Florası için şimdiye kadar yapılmış ve yapılacak çalışmalarda izlenmiş ve izlenecek yöntemlerin gerekçeleri tanıtılmaktadır. Van Sanal Herbaryumunda bulunan yaklaşık 6 bin görüntünün; Nasip Demirkuş(ND), Mehmet Koyuncu(MK), Mehmet Fırat(MF) ve Metin Armağan (MA)’ın topladıkları bitkilerin kuru, taze materyaller ve çekilen canlı resimlerden oluşmaktadır. Van Sanal Herbaryumunun hazırlanışı, işleyişi geçerliliği ve gerekliliği tanıtılacaktır.
Anahtar kelimeler: sanal herbaryum, Işık Kutusu, sanal materyal geliştirme, Van
I.GİRİŞ
2004 yılında ön çalıma amacıyla sanal herbaryumla ilgili saptanan; dünyanın önemli herbaryumlarına ait web sitelerine ilave olarak; internette;“virtual herbarium”, “digital herbarium” ve herbaryum; kavram ve kısa cümleleriyle, Google, Altavita, Yahoo bilgi tarama motorlarında bilimsel kurallara uygun taramalar yapılarak;bu konuda toplanan bilgiler, kaynaklar kısmında, web adresleriyle ilgili kısa ve öz bilgiler verilmiştir. Dünyada sanal herbaryum konusunun kuralları henüz ilk dönemlerini yaşıyor ve kurulum aşansındadır.
Van çevresinden vejetasyon dönemlerinde toplanan bitki örnekleri, canlı ve kurutulmuş herbaryum materyali olarak tarayıcılar ve Işık Kutusu aracılığı ile scan edilerek sanal ortama aktarılmıştır. Görüntüleri çekilen tüm bitki örnekleri herbaryum kurallarına uygun kurutularak Van Sanal Herbaryumu Kuru Bitki Örneği koleksiyonu oluşturulmuştur. Habitatlarına ve bitkilere özgü çekilen görüntüleri, ayrıca bitki teşhisi aşamasında: bitkilerin karakteristik organları ve özgün mikroskobik özelliklerini taşıyan görüntüler; bilgi havuzu için, mikroskop-luplara takılı CCSVR cihazı, Işık kutusu ve dijital fotoğraf makineleri ile bilgisayarlara ortamına aktarılıp bitkilere ait görüntü koleksiyonu oluşturulmaya çalışılmıştır. Bunlara ilave olarak arazi gözlemleri ve bitki toplama adresleri, yaşam yeri tiplerine ait veriler kayıt edilmiştir. Daha sonra, sanal, taze ve kuru bitki örnekleri ve verileri; internet, ilgili bilimsel basılmış bilgiler, Türkiye Florası Kitaplarına (The Flora of Turkey and the East Aegean Islands’a) ve komşu ülke flora kitaplarına yararlanılarak ve mikroskop-luplar kullanılarak teşhis edilmiştir. Ayrıca teşhis edilen bitkilerin; bilindiği kadarıyla kullanım alanları ve kullanım amaçlarıyla ilgili bilgileri (ekonomi, kültür, tarım,ilaç) toplanarak doküman içerisinde değerlendirilmişidir.
II. MATERYAL VE METOT
1-Her çiçeklenme dönemlerinde çeşitli yörelere ait lokalitelerde periyodik olarak bitki materyali, görüntüleri ve habitat-bitki gözlemlerine ait veriler toplanmıştır.
2-Araziden getirilen taze bitki örnekleri; scaner ve ışık kutusu yardımıyla taranarak bilgisayara aktarıldıktan sonra herbaryum kurallarına göre düzenlenerek
kurutulmuştur. Bitki örnekleri trinoküler-lup mikroskoplarla teşhisi yapılırken, her bitkiye özgü teşhis edici özelliklerini içeren mikroskobik görüntüler; mikroskoba takılı; CCSVR cihazı, dijital fotoğraf makinesi veya ışık kutusuyla aracılığı ile büyültülerek bilgisayara aktarılmaya çalışılmıştır. Böylece çok sayıda bitkinin teşhis edici özelliğine ait görüntülerde toplanmış ve. bu görüntüler;Van Florası Sanal Herbaryumu’nun nitel veri tabanın oluşturmuştur.
3-Bilgisayar ortamına aktarılan görüntüler sırasıyla; Adobe Photoshop grafik programı kullanılarak rötuşlaşarak; her taksonun ait, bir görüntü örneği Van Florası Sanal Kitabı için, bir Van Florası Renkli Kitabı için ve bir örneği de Van Florası Sanal Herbaryumu web sayfası için hazırlanmıştır.
4-Web sayfası için hazırlanan görüntüler ve yazılar:Adobe Macromedia Studio 8 ürünlerinin tanıtım sürümleri aracılığıyla işlenerek; Van Florası Sanal Herbaryumu Web Sitesi görüntü ve yazılı veriler hazırlanmıştır.
5-Türkiye Florası Kitaplarında: Van Florasına ait bitkilerin deskripsiyonları (tanım metinleri)ve yayılış alanları, her bitki taksonuyla ile ilgili bilinen Türkçe isimleri ve tüm kullanım alanlarına özgü kaynaklar;ABBYY FineReader 8 profesyonel OCR programının kısıtlı sürümü kullanılarak bilgisayar ortamına aktarılmıştır.Bu bilgiler,Van Florası’nın nicel veri tabanını oluşturmaktadır.
6-İnternet üzerinde;Van ve çevresi bitkilerinin; ekonomik, süs, ziraat, tarım ve kültür alanlarındaki kullanımlarının tanıtımı, İnternet, ekstra net (özel dış ağ) ve intranet (iç ağ) üzerinde Van yöresi bitkileriyle ilgili veri sorgulama ve bitki teşhisine yönelik; istenildiğinde kapsam genişletilebilecek ve tüm Türkiye bitkilerini taşıyabilecek durumda olacak şekilde:. 100 bin bitki örneği özelliklerini sorgulayabilecek ve taşıyabilecek amacıyla;2. ve 5. maddelerde amaca uygun toplanan işlenmiş ve hazırlanmış nitel ve nicel veritabanı bilgileri; MS SQL veritabanı işleme ve uygulama programı kullanılarak, uygulamanın yazılması;uygulama MS SQL server üzerinde ASP.NET, webscript, javascript, HTML, XML kullanılarak hazırlanacak; Web Tabanlı Van Florası Yazılımının Tüm Hakları Açık Kodlarıyla, ilerde amaca uygun genişletilip veya değiştirilip, Türkiye Florası ve Faunasında kullanılabilecek şekilde projesi hazırlanmaktadır.
III.VAN SANAL HEBARYUMU’NUN ÖZGÜNLÜĞÜ
1-Işık kutusuyla çekilen; kartonsuz taze bitki örneklerinin 3.4x büyütmeli makroskobik genel görüntüler.
2-Mikroskop-lupa takılı CCSVR cihazı, dijital fotoğraf makinesi ile çekilen ve ışık kutusundan 50–60 büyültmeye kadar bitki teşhisi amacına yönelik mikroskobik görüntülerin teşhis esnasında alınması. Bu görüntüler; Türkçe ve İngilizce deskripsiyonunda(tanım metninde), Türkçe ve Latince kavramların geçtiği kısımların üzerine link atılacaktır.
3-Her bitkinin bilinen tüm Türkçe veya yerel adlarına ve Latince adlarına göre kategorize edilecektir.
4- Her bitkinin bilinen tüm ekonomik, kültürel, süs, tıbbi ve zirai kullanım amaçları ve sahaları literatürde bilindiği kadarıyla verilecektir.
5-Her kuru ve taze bitki görüntüsünün ait olduğu kuru bitki örneği sanal herbaryum yayın odasın raflarda hazır ve özgün sistematik kurallara göre dizilecektir. Bu kuru bitki örneklerinin demonstrasyon örneği olması nedeniyle tahrip olmaması gerekir. Çünkü görüntüyle eşleşmesi güçleşebilir. Bu bilgiler ışığında zorunlu olmadıkça sanal odadan dışarıya ödünç verilmeyecektir.
6-İnternet, ekstra net (özel dış ağ) ve intranet (iç ağ) üzerinde; Van yöresi bitkileriyle ilgili veri sorgulama ve bitki teşhisine yönelik anahtarı geliştirmek.
7-Van Florası Sanal Kitabı (CD’si)
Van Sanal Herbaryum’unda bir bitkiye ait
A-Işık Kutusuyla scan edilmiş taze örneğin 3.4X büyütlmeli görüntüsü,
B-Kuru örneğin scan edilmiş 3.4X büyültmeli görüntüsü
C-Habitattan çekilmiş görüntüsü
D-Taksonun özgün mikroskobik özelliklerine ait teşhis edici görüntüler.
E-Kuru bitki örnekleri
F-Taksonun en son güncel adı ve deskripsiyon(tanım metni) özellikleri
G-Taksonla ilgili önemli ulusal ve uluslar arası linkler bulunacaktır.
IV. VAN SANAL HERBARYUMUNUN; AMAÇ , HEDEF VE SONUÇLARI
Van Sanal herbaryumun amacına uygun toplanan ve hazırlanan dokümanlar: İnternet üzerindeki proje ile ilgili, TUBIVES ve benzeri önemli siteler dikkate alınarak, düzenlenip amaçların disiplinine uygun kullanılacaktır. Bu amacı gerçekleştirmek için: hazırlanan proje kapsamında gereksinim duyulan ve satın alınacak, yazılım programları (yumuşak araçlar) ara ılığı ile veriler; bilgisayar ortamın a aktarıldıktan sonra, amaçlarımıza uygun rötuşlanıp(düzenlenip) gerekli yazılımlar kullanılarak;
1-Van Florası Renkli Kitabı.
2-Van Florası Sanal Kitabı(CD’li).
3-Van Florası Sanal Herbaryumu’na ait; kuru bitki örnekleri ve görüntü koleksiyonu.
4-İntranet (iç ağ), ekstra net(özel dış ağ), internet kurallarına uygun, çok yönlü amaçlara hizmet verebilecek sorgulama bilgilerini içeren: Van Florası Sanal Herbaryumu Web Sitesi ve Van Florası Sanal Herbaryumu alt yapısı hazırlanacaktır.
5-Ulusal; sanal ve gerçek herbaryumlara veri tabanı oluşturmak-oluşumlarına hız kazandırmak.
6-İnternet, ekstra net (özel dış ağ) ve intranet (iç ağ) üzerinde botanik bilim dalı öğretimine ve botanik laboratuarlarına yönelik hizmet veren doküman ve veri oluşturmak.
7-İnternet üzerinde; Van ve çevresi bitkilerinin; ekonomik, süs, ziraat, tarım ve kültür alanlarında kullanılan bitkilerin bilimsel tanımıyla birlikte internet üzerinden her düzeye hizmet vermesi.
8-İnternet, ekstra net (özel dış ağ) ve intranet (iç ağ) üzerinde Van yöresi bitkileriyle ilgili veri sorgulama ve bitki teşhisine yönelik anahtarı geliştirmek.
9-Benzer çalışmalara örnek olması bakımından: doğadan internet ortamına veri; toplanması, hazırlanması ve hizmete açılmasına kadar, kullanılan araçlar ve kullanım şekline yönelik, izlenen yöntemler hakkında derli toplu bilgi oluşturmak.
10-Uluslar arası seviyede ülkemizi tanıtmak, ülkemiz ekonomisine, turizmine, kültürüne ve öğretimine katkıda bulunmak.
11-Bu çalışma ile dünyada ilk defa; Işık Kutusu kullanılarak, scanerla, bitkilerin taze, kuru mikroskobik-makroskobik İnternette ve Literatürde yapılan ulusal ve uluslararası araştırmalarda genellikle sanal herbaryumlar; habitat içindeki çekilen bitki fotoğraflarından, kuru bitki örneklerinin kartona yapışık fotoğraflarından veya kartonları scaner üzerine ters kapatılarak düz bitki görüntülerine ilave edilen fotoğraf albümlerinden ibarettir.
KAYNAKLAR:
1-Montana Sanal Herbaryumu; http://montana.plant-life.org/key.html, Ödüllü olan bu sitede, kabaca bir bitki gruplandırma çetelesi, ayrıca çok güzel disiplinize ve sistematize edilmiş bitki isim indeksi ile bitki görüntüleri ve deskripsyonunda(tanım metninde) geçen kavramlar üzerine açıklayıcı resim ve anlatım linkleri atılmış, Geleceğe yönelik en iyi emekleyebilen bu web sitesinde; görüntülerin üzerine gereksiz koruma ve hareketli özgün animasyon ve gif dosyaları konmuştur.
2-Australia’s Virtual Herbarium (Avutralya Sanal Hebaryumu) http://www.anbg.gov.au/avh.html; Henüz kurulum aşamasında olup arazide çekilen bitki ve habitat resimleri ve scanerdan çekilen kartonlu görüntülerden ve ulusal-uluslar arası tekst ve link bilgisinden ibarettir.
3-Fairchild Tropical Garden Herbarium; http://www.virtualherbarium.org/vh/db/index.htm; Site yapım aşamasında ve sadece doğadan çekilen ve bahçeden çekilen resim, tekst ve basit bir sorgulama yazılımından oluşmuştur.
4-The New York Botanical Garden Virtual Herbarium, (Newyork Botanik Bahçesi Sanal Hebaryumu) http://sciweb.nybg.org/Science2/userguide.asp ; sadece doğadan çekilen ve bahçeden çekilen resim, tekst, basit bir sorgulama yazılımından ve taksonların ilk yayınlandığı makaleleri isimlerinden oluşmuştur.
5-Virtual Herbarium of the Chicago Region, http://www.vplants.org/ ; Site de, tekst, basit bir sorgulama yazılımından oluşmuştur.
6- Balears Adaları Sanal Herbaryumu; http://herbarivirtual.uib.es/eng/index.html; Bu site de bitki isimleri ve scan edilmiş bitki görüntüleri vardır.
7- North Caroline Üniversitesi Virtual Herbaryumu; http://www.ibiblio.org/pic/herbarium.htm ; Bu site eğitime yöneliktir ve bu sitede kartona yapıştırılmış herbaryum materyallerinin fotoğrafları çekilmiş ve tür etiketleriyle verilmiştir.
8- Utah Valley State College Herbaryumu; http://herbarium.uvsc.edu/index.shtml ; familyalar ve sistematik sırayla bitkiler verilmiştir. Ayrıca herbaryum örneklerinin ve doğada çekilmiş fotoğraflarıyla, örneklerin toplandığı yerler, iklim koşulları da verilmiştir.
9- Saskatchewan Üniversitesi Virtual Herbaryumu; http://www.usask.ca/biology/virtualherbarium/index.php , bu sitede bitkilerin teşhisi için dikotom anahtar konmuştur. Teşhiste ve tanımda kullanılan bazı özelliklerin üzerine link verilerek metin halinde açıklama getirilmiştir. Görüntüleri ise herbaryum materyalinin fotoğrafları oluşturmaktadır.
10-Enviromental Surveillance, Education and Research Program’ında; http://www.stoller-eser.com/CMP/Herbarium/herbariumsearch.asp , bir sorgu sayfası verilmiş ve örneklerin habitatları ile toplayıcı notları yer almaktadır. Örneklerin herbaryum materyali iken çekilmiş görüntüleri yer almaktadır.
11-Teksas Üniversitesi’nin Virtual Herbaryumu’nda; http://uvalde.tamu.edu/herbarium/index.html , Bitkilerin yaprak, çiçek, gövde ve tümünün fotoğrafları ayrı ayrı verilmiştir.
12-Leida Üniversitesi’nin Ağaç Hastalıkları Virtual Herbaryumu ise; http://labpatfor.udl.es/herbariovirtual/herbariovirtual2.html , sadece isimlerden ve fotoğraf albümünden oluşmaktadır.
13-The Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) da verilen virtual herbaryumda ise;
14-http://www.cse.csiro.au/research/SAND/sand_virtual_herbarium.htm , bitkiler index halinde verilmiş, bu isimlerin üzerine link verilerek doğal alanlarında ki fotoğrafları verilmiştir.
15-http://linnaeus.nrm.se/botany/fbo/welcome.html.en Linnean herbarium at the Swedish Museum of Natural History (S-LINN)
16-http://flora.nhm-wien.ac.at/ Pflanzenfamilien-Auswahl von Botanik im Bild
17-http://www.rbgkew.org.uk/index.html Royal Botanic Gardens, Kew Home Page
18-http://www.nrm.se/vxter.html.en Plants Swedish Museum Of Natural History
19-http://www.nathimus.ku.dk/BOT/index.htm Unıversıty Of Copenhagen Faculty Of Scıence
21-http://www.nybg.org/ Bulbs at The New York Btoanical Garden
22-http://geo.ou.edu/Botanical/ Atlas of the Flora of Oklahoma
23-http://elib.cs.berkeley.edu/photos/flora/ University of California, Berkeley
24-http://www.botany.wisc.edu/wisflora/ Checklist of the Vascular Plants of Wisconsin
25-http://www.csdl.tamu.edu/FLORA/ Texas A&M BWG – Home
26-http://129.116.69.198:427/Tex.html UT Flora of Texas Project
27-http://www.noble.org/imagegallery/grasses.html Plant Image Gallery Scientific Index
28-http://www.huh.harvard.edu/ Harvard University Herbaria
29-http://ucjeps.berkeley.edu/ University and Jepson Herbaria Portal to California Flora
30- http://www.flmnh.ufl.edu/natsci/herbarium/flasvasc.htm Vascular Plant Collection University of Florida Herbarium (FLAS)
31-http://oregonstate.edu/dept/botany/herbarium/ Oregon State University Herbarium
32-http://linnaeus.nrm.se/botany/fbo/welcome.html.enLinnean herbarium at the Swedish Museum of Natural History (S-LINN)
33-http://flora.nhm-wien.ac.at/Pflanzenfamilien-Auswahl von Botanik im Bild
34-http://www.rbgkew.org.uk/index.htmlRoyal Botanic Gardens, Kew Home Page
35-http://www.nrm.se/vxter.html.enPlants Swedish Museum Of Natural History
36-http://www.nathimus.ku.dk/BOT/index.htmUnıversıty Of Copenhagen Faculty Of Scıence
37-http://www.nybg.org/Bulbs at The New York Btoanical Garden
38-http://geo.ou.edu/Botanical/ Atlas of the Flora of Oklahoma
39-http://elib.cs.berkeley.edu/photos/flora/University of California, Berkeley
40-http://www.botany.wisc.edu/wisflora/Checklist of the Vascular Plants of Wisconsin
41-http://www.csdl.tamu.edu/FLORA/Texas A&M BWG – Home
42-http://129.116.69.198:427/Tex.html UT Flora of Texas Project
43-http://www.noble.org/imagegallery/grasses.html Plant Image Gallery Scientific Index
44-http://www.huh.harvard.edu/Harvard University Herbaria
45-http://ucjeps.berkeley.edu/University and Jepson Herbaria Portal to California Flora
46-http://www.flmnh.ufl.edu/natsci/herbarium/flasvasc.htmVascular Plant Collection University of Florida Herbarium (FLAS)
47-http://oregonstate.edu/dept/botany/herbarium/ Oregon State University Herbarium